Una noche de junio, a unos meses de las elecciones, alguien atenta contra la política Marta Rivas, matándola en el acto y dejando en estado crítico a su pareja, el poeta Mateo Rosas. El atentado no tiene razón de ser ni nadie lo reivindica, algo anómalo ha sucedido en una ciudad que no está acostumbrada a hechos que se salgan del guion rutinario. Sara, periodista atípica que lleva el blog «Lo que la ciudad calla», se interesará por el asesinato y llevará a cabo una investigación para aclarar la muerte de Rivas. Las pesquisas le harán conocer a Alicia, una inadaptada social, y juntas descubrirán lo que se esconde detrás de todo. Mientras esto ocurre, se narra la «milagrosa» supervivencia del poeta tras el atentado. El narrador, testigo invisible de esta parte de la historia, se verá atrapado en una sucesión de hechos en los que, muy a su pesar, no podrá influir para cambiar el destino de Mateo Rosas. El hilo argumental de la obra, coral en tanto que existen dos narradores y varios personajes principales, girará en torno a la investigación del atentado. El desenlace final tendrá lugar en la semana previa a las elecciones.
La importancia de Luciérnagas en la ciudad no recae en la clásica cuestión que da pie a la trama de toda novela negra ¿quién y por qué? sino que se centra en los protagonistas. La continua lucha interior de cada personaje y la interrelación que tienen entre ellos son los ejes de esta historia.