Expediente Bagdad transcurre a contrarreloj en los escasos siete días de caos e incertidumbre comprendidos desde el comienzo de los combates terrestres entre las tropas de Estados Unidos y las de Sadam Huseín al sur de la ciudad y su caída definitiva el 9 de abril de 2003, mientras las estructuras del Estado se desintegran y se acelera la desbandada de las autoridades y de la castigada población civil.
El policía Rashid al Said se incorpora a su trabajo en el distrito de Karrada, y además de nuevos rumores sobre la caída del aeropuerto y los consiguientes desmentidos oficiales, en la comisaría le aguarda un mensaje de su superior citándole en una tetería cercana. Allí el comisario Yalal le anuncia que está a punto de abandonar la capital con su familia, y le hace entrega de un sobre que contiene varias fotografías del cadáver de una niña disminuida psíquica con numerosas heridas de arma blanca; Rashid no estaría obligado a coger el sobre y aceptar el caso, no solo por las circunstancias especiales en que se encuentra la ciudad, con los americanos a las puertas, sino también porque lleva muchos años destinado a labores policiales menores como la vigilancia del tráfico y alejado de la investigación criminal desde que ciertas pesquisas suyas estuvieron a punto de destapar un caso de corrupción del ejército en Basora. El comisario tiene la certeza de que Rashid (culto, educado en Occidente, militante del partido Baaz de Sadam y de moral intachable) es una persona a la que su sentido del deber le impedirá hacer lo mismo, pese a las súplicas de su mujer para que huyan cuanto antes a Damasco.