La aportación primordial del presente trabajo consiste en situar a la Santa y Muy Insigne Iglesia Magistral de los Santos Justo y Pastor, Catedral de Alcalá de Henares, en el lugar que históricamente le corresponde en el panorama de las más antiguas universidades européas, como parte fundamental del complejo universitario diseñado por fray Francisco Jiménez de Cisneros.Evidentemente hay que considerar que en la realidad académica de la magna obra de Cisneros, a partir del año 1499, se muestra constante la presencia protagonista no solo del Abad Mayor de la Iglesia Magistral como Canciller universitario y del largo millar de doctores que formaron totalmente sus cabildos desde el siglo XVI al XIX culminando así todo el andamiaje académico diseñado por Cisneros y formando la primera institución española creada para proporcionar seguridad laboral a los más brillantes graduados universitarios. Por primera vez se aporta una nueva visión de la historia de la universidad complutense atendiendo a la influencia del pensamiento religioso flamenco en España a comienzos del siglo XVI y en el propio Cisneros y su reflejo en Alcalá de Henares mediante la decisiva intervención del embajador de Carlos V en Castilla, Adriano de Utrecht, maestro del emperador y Deán de la Iglesia Magistral de San Pedro de Lovaina, en la fundación de la Iglesia Magistral complutense y en sus funciones universitarias. Es precisamente ese carácter universitario el que diferencia el templo complutense de los Santos Justo y Pastor no sólo del resto de las Colegiatas sino de todas las Catedrales del mundo, excepto de la de San Pedro de Lovaina con la que, aún hoy, comparte el histórico título de Magistral.