Las nubes narra la historia de un joven psiquiatra que, en 1804, conduce a cinco pacientes hacia una clínica, viajando desde Santa Fe a Buenos Aires. Dirige una caravana con treinta y seis personas: locos, prostitutas, gauchos y una escolta de soldados, para cruzar la pampa sorteando todo tipo de obstáculos.
En esta falsa epopeya, Juan José Saer concentra los núcleos básicos de su escritura: sus ideas acerca del tiempo, el espacio, la historia y la poca fiabilidad de los instrumentos con que contamos —conciencia y memoria— para aprehender la realidad.
Las nubes puede leerse como una metáfora de las locuras del dominio colonial en las Américas, siendo a su vez un diario de un viaje complejo. Fiel a sí misma, la obra de Juan José Saer define uno de los caminos centrales de renovación en la literatura
argentina después de Jorge Luis Borges.