La gestión ambiental nace, desde la misma concepción del proyecto, con la incorporación de los procedimientos de evaluación ambiental aplicables en función de los impactos esperados para cada instalación, obra o actividad. Además de que, previamente, la evaluación de impacto ambiental debió haber sido aplicada ya a los planes y programas que sustentan al proyecto en cuestión. Para la mayoría de los proyectos industriales se requiere, además de la evaluación de impacto, una autorización ambiental integrada, recogiendo específicamente las condiciones para aplicar las mejores tecnologías disponibles referentes a las emisiones a la atmósfera, los vertidos hídricos, la contaminación de suelos, la producción de residuos y los ruidos. También desde esta etapa previa, al objeto de obtener la pertinente autorización administrativa, se debe atender a la responsabilidad medioambiental, donde adquieren especial relevancia los análisis de riesgos ambientales. La materia no está exenta de controversia jurídica en España.
Tras el inicio de la construcción o la puesta en marcha de ésta, los sistemas de gestión ambiental, con su certificación y auditorias, deben aportar al operador un conjunto de garantías frente a terceros que aseguren en cada momento el correcto desarrollo de la instalación, obra o actividad. A lo largo de todo el proceso la Ingeniería Ambiental debe atender, además, a la organización administrativa para la protección ambiental de espacios y especies, a los derechos y obligaciones referentes a la participación e información ambiental, o a los propósitos internacionalmente aceptados para el logro de un desarrollo sostenible.