El siglo XIII se acerca a su fin. Mientras Occidente se defiende a la desesperada de los ataques del islam, en Oriente, Kublai Jan, el descendiente del gran Gengis, sueña con unificar el mundo bajo su cetro. Su próximo objetivo será un archipiélago situado donde nace el sol al que sus habitantes denominan Nihon y los extranjeros, Japón. Entre los miembros de la expedición que ha de conquistar las islas Japón se halla Fan, un erudito encargado de administrar a los japoneses una vez que hayan sido sometidos. Entre los defensores de Nihon, se encuentra Nyogen, un joven samurái que ha jurado vivir de acuerdo al sagrado código del Bushido. Fan y Nyogen, los representantes de dos universos radicalmente distintos a pesar de su cercanía, se enfrentarán en defensa de sus señores, sus pueblos y sus culturas. Sin embargo, cuando la lucha acabe ninguno de ellos podrá seguir siendo el mismo.
A través de los palacios del gran mongol, de la escuadra imperial, de los templos zen y de las escuelas de los samuráis, la acción de El viento de los dioses nos sumerge en dos mundos poblados de geishas y guerreros, de sabios y emperadores, de eruditos y magos.