En pleno siglo XXI, el historiador Teodoro de Villalpando se dedica a esclarecer las hazañas de una cofradía que, aprovechando los viajes de Cortés, Magallanes y Luis de Carvaxal, intentó establecer un lugar donde reinara la concordia. Tras el hallazgo de un diario perdido y enigmático escrito en el siglo XVI, y que parece referirse a estos hechos, la periodista Juana Vicente se acerca a Villalpando para anunciarle tal descubrimiento; además, investiga historias de corrupción y crimen organizado que ponen en peligro su vida. Entonces, aparece Fión Calavera, un muchacho de un barrio periférico que intenta vencer el molino de la desigualdad.
Las marcas del agua es una historia que transita del siglo XVI al XXI mediante los acoples finos de una arquitectura cuidadosa.