A comienzos del año 1550 llega a Santiago de Guatemala una mala nueva: en León de los Caballeros ha sido asesinado fray Antonio Montesinos, obispo de Nicaragua y hombre de confianza de fray Bartolomé de las Casas. Las primeras sospechas sobre la autoría del hecho recaen sobre los ricos encomenderos, que rechazan la Leyes Nuevas protectoras de los indígenas. Pero tras la evidencia de que la autoridad real, la Audiencia de los Confines, corroída por la corrupción, no moverá un dedo por aclarar y castigar el delito, el prior de los dominicos encarga a su copista, Juan Núñez de Roveriza, fraile más por circunstancias que por vocación, dirigir una pesquisa de la orden para esclarecer el crimen. Juan Núñez comenzará indagando sobre las causas intelectuales del crimen, teniendo así que retroceder hasta la misma Escuela de Salamanca, hervidero de sabios humanistas. Pero también se dirigirá al lugar de los hechos para identificar a los autores materiales del terrible asesinato, consciente de los peligros y amenazas que esa pesquisa supone para su propia vida.