A pesar de sus múltiples esfuerzos, Hernán no ha conseguido alcanzar la paz en Occidente y regresa a la India. Emprende el viaje llevado por el desasosiego interior, movido por la noticia de un manuscrito secreto del que ni siquiera sabe si de veras existe; tras un largo aprendizaje vital terminará asistiendo a su maestro Suresh en el proceso de su muerte consciente. Se cierra así el círculo del recorrido místico que había iniciado junto a Suresh, y que lo acerca un poco más al conocimiento de sí mismo.

El manuscrito secreto del faquir continúa el relato de exploración espiritual de sus novelas anteriores, El faquir y En busca del faquir. Pocas veces se han narrado con tanto desenfado y realismo los detalles de un viaje iniciático.