El quinto códice Maya es un thriller lleno de acción y aventura en torno a un códice relacionado con las predicciones mayas sobre el fin del mundo.Scott Daggart, un antropólogo estadounidense especializado en la cultura maya y profesor de la universidad de Chicago, además de militar retirado, se encuentra pasando el verano en el Yucatán, en las inmediaciones de Playa del Carmen, embarcado en la excavación de un yacimiento arqueológico. Scott intenta superar la muerte de su esposa, asesinada poco antes en Chicago en el transcurso de un robo. Un día, sorpresivamente, recibe la llamada de Lyman Tingley, un antiguo amigo y colega con el que perdió el contacto tiempo atrás.
Tingley, un ambicioso antropólogo, ha conseguido fama internacional al anunciar el descubrimiento del Quinto Códice, uno de los escasísimos libros mayas que se salvaron de la quema a la que los conquistadores y el clero españoles sometieron las bibliotecas indígenas a su llegada al Nuevo Mundo. Daggart se ve a partir de ese momento involucrado en una sucesión de aventuras y conspiraciones en su lucha por evitar que el manuscrito sea utilizado para fines terroristas.